Mesin ini mulai dikembangkan pada awal tahun 2010-an dan menyelesaikan uji penerimaan pada awal tahun 2015. Mesin ini digunakan pada roket suborbital New Shepard, yang melakukan uji terbang pertamanya pada tanggal 29 April 2015 dan melakukan penerbangan berawak pertamanya pada tanggal 20 Juli 2021.
Pada tahun 2015, mesin tersebut sedang dipertimbangkan oleh United Launch Alliance (ULA) untuk digunakan pada tahap kedua yang baru, Advanced Cryogenic Evolved Stage, pada kendaraan peluncuran orbital Vulcan milik ULA dengan penerbangan pertama pada tahun 2020-an.[9][10][11][12][13][14]
^"A First Look". Diarsipkan dari versi asli tanggal 2021-06-02.Parameter |url-status= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)
^"Our Approach to Technology". Blue Origin. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2018-01-10. Diakses tanggal 2015-05-01. The BE-3 engine is flying. The engine that powers the New Shepard suborbital vehicle today will be upgraded with a larger nozzle to operate in the vacuum of orbital space.Parameter |url-status= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)
^"Orbital ATK, SpaceX Win Air Force Propulsion Contracts". SpaceNews. 13 January 2016. Diakses tanggal 1 March 2016. Specifically, Orbital ATK will combine the Air Force money with at least $31 million, and as much as $124 million, of its own to develop [..., including] an extendable nozzle for Blue Origin's BE-3U upper stage engine. Blue Origin uses the BE-3 for its New Shepard suborbital rocket. The BE-3 also is one of three upper-stage engines United Launch Alliance is considering for Vulcan, the Denver company's next-generation rocket. 'We are proud to provide the BE-3U high energy upper stage solution for Orbital ATK's next generation launch vehicle,' Rob Meyerson, Blue Origin's president, said in an email to SpaceNews. 'The BE-3U is a variant of our BE-3 engine that powers our New Shepard space vehicle for both launch and landing.'
^"Contracts: Air Force". U.S. Department of Defense Contracts press release. 2016-01-13. Diakses tanggal 2016-03-01.